คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2528 และเปิดรับนักศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2529 นับเป็นคณะเภสัชศาสตร์ ลำดับที่ 6 ของ ประเทศไทย ตั้งอยู่บริเวณพระราชวังสนามจันทร์ อ.เมือง จ.นครปฐม โดยมี “เภสัชกร รองศาสตราจารย์ ดร.ประโชติ เปล่งวิทยา” ดำรงตำแหน่งคณบดี ในสมัยนั้น นับเป็นคณบดี ผู้ประศาสน์การ ผู้ก่อตั้งคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัย ศิลปากรโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อสนองต่อความต้องการในการพัฒนาศักยภาพกำลังคน ในสายงานเภสัชกรรม และสายงานด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพรวมถึงการพัฒนาให้เกิด
ภารกิจเชิงรุก ในการให้บริการด้านเภสัชศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ จัดการเรียนการสอน ทั้งในระดับปริญญาบัณฑิต ปริญญามหาบัณฑิต และปริญญาดุษฎีบัณฑิต มุ่งเน้นผลิต บัณฑิตที่พร้อมด้วยความรู้ คุณธรรม จริยธรรม และความรับผิดชอบ ในการปฏิบัติงาน ตามภารกิจและพันธกิจแห่งวิชาชีพเภสัชกรรมทั้งในภาครัฐ และภาคเอกชนที่ดำเนินไป ในลักษณะผสมผสานความรู้และทักษะเพื่อประโยชน์สูงสุด

            นอกจากการจัดการเรียนการสอน คณะเภสัชศาสตร์มีพันธกิจในการวิจัย และพัฒนาทางเภสัชศาสตร์และสาขาที่เกี่ยวข้อง บริการวิชาการแก่ชุมชน ทั้งภาครัฐ และภาคเอกชนและความร่วมมือด้านต่างๆกับต่างประเทศ โดยเฉพาะมหาวิทยาลัยชั้นนำ ในประเทศ สหรัฐอเมริกา ฝรั่งเศส อังกฤษ เยอรมนี และญี่ปุ่น เป็นต้น